Equipements

Orbitrap Elite - TSF - 2012

Date d’installation : Février 2012

L’Orbitrap Elite est un système hybride composé d’une trappe linéaire couplé (le LTQ Velos)et d’un orbitrap. Grace à sa vitesse de scan et sa sensibilité, cet instrument permet l’analyse de mélanges complexes. Son couplage à une chromatographie nanoLC permet d’effectuer une séparation sur colonne C18 capillaire (75 µm x 50 cm) avant l’analyse en masse. Pour des runs de 2h, entre 2000 et 4000  protéines différentes peuvent être identifiées.

Les informations de séquences sont produites par des scans MS/MS après fragmentation CID, HCD ou ETD. Ces trois modes de fragmentation sont utilisés pour l'étude des modifications post-traductionnelles

Cet instrument a été acquis grâce au support financier de la Fondation ARC pour la Recherche sur le Cancer et de l'INSERM.

Spécifications Orbitrap 

- Haute résolution: 120 000 (M/ΔM) en scan MS standard, jusqu’à 240 000 (M/ΔM)  à 400 m/z

- précision : <10 ppm en calibration externe

- sensibilité en couplage nanoLC de l'ordre de la femtomole de peptide

- gamme dynamique sur plusieurs ordres de grandeur

- vitesse de scan entre 0.2 et 2 secondes suivant la résolution

Spécifications trappe linéaire 

- résolution : 1000 (M/ΔM) avec le mode rapid scan

- précision : entre 0.15 et 0.6 Da avec le mode rapid scan

- vitesse de scan : de l'ordre de 0.1 seconde avec le mode rapid scan

Modes de fragmentation disponibles

- fragmentation CID 

- fragmentation ETD

- fragmentation HCD

QTOF Xevo  –- Waters - 2015

Date d’installation : mars 2015

Le QTOF Xevo est équipé d’une source nanospray et d’une source électrospray. La chaine UPLC (Acquity class M) qui lui est associée permet l’utilisation des nano-colonnes (i.d. 75µm) ainsi que des colonnes plus conventionnelles (i.d. 1 mm). Il est utilisé pour l’analyse de protéines entières en couplage LC-MS ainsi qu’en dosage de petites molécules.

Spécifications

- résolution: 30000 (M/ΔM) en scan MS standard

- précision : <10 ppm en calibration externe

- sensibilité en couplage nanoLC de l'ordre de la femtomole de peptide

- gamme dynamique sur plusieurs ordres de grandeur

- vitesse de scan entre 0.1 et 1 seconde suivant la sensibilité

Logiciels

• Proteome Discoverer 1.4 - TFS – 2014

Proteome Discover 1.4 est le logiciel de traitement des données fourni par TFS. Il permets d’identifier les peptides et quantifier les abondances protéiques à partir du signal MS ou du spectral count (approche label free, SILAC) et du signal des ions reporteurs (iTRAQ, TMT)

• Progenesis – Waters -2015

Ce logiciel est essentiellement dédié à la quantification label free XIC après l'alignement des pics chromatographiques entre les runs. Il possède son propre module d’identifcation (PLGS, Waters) mais peut importer les résultats d’identification d’autres logiciels.

• Proteome Discoverer 2.1 - TFS – 2016

Cette évolution du logiciel Proteome Discoverer permet notament de gérer le problème des peptides partagés entre plusieurs protéines identifiées.

• MaxQuant - 2017

Ce logiciel est un logiciel gratuit développé par le Max Planck Institute of Biochemistry. Il possède un module d’identification-quantification (MaxQuant) ainsi qu’un module de traitement statistique (Perseus).

Matériel de préparation

• Concentrateur de type SpeedVac pour le séchage des échantillons en tubes ou en microplaques
• Thermomixer  pour l’incubation/agitation des tubes et microplaques
• Centrifugeuse réfrigérée pour tubes
• Bombe de packing pour la préparation de colonnes nanoLC
• Hotte à flux laminaire pour la découpe des échantillons en gel et la digestion en gel
• Appareil d’électrophorèses SDS PAGE (miniprotean) pour la préparation des échantillons